Under the backdrop of a modern glitzy Shanghai cosmopolitan and in the guise of the "westernization" and commercialization of Chinese medicine, "An Herbalist Affair" is a warm light-hearted family centered drama with romantic and comedic plot elements that we have seen many times before. There is the suspicious smart up-and-coming salesman carefully keeping tabs on his sassy secretary/assistant assigned to him who just turns out to be the only daughter of the big boss and owner of the company of he's employed. Later, their relationship blossoms into an ill-fated "poor boy rich girl" romance. On another front, two young men from different walks in life and culture meet by chance and become the best of friends only to discover that they are truly brothers sharing the same father. We have a career-minded professional doctor who needs some serious defrosting. And in the course of her reconnection to the human spirit and heart, the doctor also falls in love with the salesman. Finally, an idealistic gullible young chef (the younger brother) who is kind, gentle and good in every way falls for a fun-loving wild child dancer. Will he be lead astray by her wicked influences, or instead, become the gallant knight who rescues her back from the dark side?

二輝本為著名藥行同濟堂的小職員，因為有個不求上進的父親，二輝不得不加倍努力，凡事靠自己，性格也較為急進，總希望能在最短時間之內賺最多的錢。二輝那股拼勁吸引了同濟堂老闆吳星的女兒吳倩如的注意。倩如俏麗可人，率直敢言，乃家中獨女，自小已被父親視如掌上明珠，在保護中長大。倩如希望可以獨立發展，於是與父親打賭，在保和堂工作，證明自己不靠父蔭也可在社會生存。身為上司的二輝卻以為倩如乃是吳星派出的臥底，調查毛自己秘撈的證據，於是對倩如諸多忌諱，又找各種藉口辭退倩如。倩如覺得二輝為人有趣，多番糾纏。此時，公司指派二輝往上海公幹。與此同時，時生病危，將半張藥方交託二輝，代往上海尋覓一位故人。二輝為了圓爺爺心願，二話不說便飛往上海。倩如得知二輝肩負完成爺爺遺願之重任，主動幫助二輝，令二輝感動不已，二人芥蒂盡除，感情迅速發展。在上海期間，二輝亦同時認識了熱心助人的谷一宵和醫術不凡的女中醫姜心悅。後來一宵來港尋親，二輝始知悉一宵竟是自己同父異母的哥哥！好景不常，倩如和二輝交往被雙方家長知悉。吳星誤會時生見死不救，以致失去愛妻，更因為吳星不滿二輝身份低微，強行拆散二人。二輝深感不忿，為了爭一口氣，遂極力爭取國內名中醫姜鐵圖的中成藥代理權，發奮圖強。可惜鐵圖堅持只有對中醫有認識的人才能得到代理權，輝無功而回。與此同時，輝得知如為自己，竟犧牲發展時裝設計事業的機會。輝為成全如，也為了自己的事業，決意赴上海就讀中醫。二輝與寄住在一宵家中的心悅相處漸多，二人漸漸建立一份良朋知己情誼。原來心悅正是鐵圖的女兒。二輝在心悅的身上親身體驗到中醫藥的博大精深，令他對中醫藥的觀念完全改觀。可是此時卻突然傳來倩如決定下嫁予青梅竹馬的名門之子鍾正龍，二輝大感失落，幸得心悅在旁開解安慰。其間，由於一個久病的老顧客，無意中觸發了了二輝把傳統食療方結合在日常飲食上的構思，二輝更得心悅義助為顧問，二人共同協力，將食肆改成藥膳坊，吸引了大批顧客光顧，成了新一代的飲食潮流文化。一宵和二輝同心合力，兄弟情誼更趨深厚。二輝無意中發現一宵的夢中情人原來是心悅，可惜神女無心，皆因心悅一縷情絲已繫在二輝身上，但二輝卻懵然不覺。一段毫無感情作基礎的政治婚姻，最終都是悲劇收場。二輝看著倩如在窘境中掙扎，情義上，二輝自覺應為倩如一力承擔。二輝想到祖父的獨門秘方，若能找到，製成成藥推出市場，將是同濟堂的一線生機！可惜世事往往不盡人意... 而感情方面，二輝雖曾表明自己最愛是倩如，但此刻心中居然泛起忐忑不安之情。二輝不禁反覆自問，難道自己對心悅在不自覺中已產生了愛慕之情？就在二輝欲向心悅求婚之時，卻得知倩如性格大變背後的原因，竟是患了癌症，在西醫學的判斷已是無藥可治，只有數個月的壽命，為免拖累二輝，為免二輝為自己傷心，所以決意成全二輝和心悅。二輝曾發誓不會重蹈父親的覆轍，一腳踏兩船，但命運偏偏作弄，令二輝陷入這情義兩難的局面中，二輝到底該如何抉擇？

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